Отсутствуют основания для включения в налоговую базу по НДС выделенных автономному учреждению из бюджета денежных средств, за счет которых оно компенсирует свои расходы по оплате приобретаемых товаров (работ, услуг).
По мнению Минфина, изложенному в Письме от 11.03.2009 № 03-07-11/57, денежные средства, не связанные с оплатой подлежащих налогообложению НДС товаров (работ, услуг) , в налоговую базу по налогу на добавленную стоимость не включаются.