Налогоплательщики, осуществляющие наряду с предпринимательской деятельностью, подлежащей налогообложению ЕНВД, иные виды деятельности, исчисляют и уплачивают налоги в отношении данных видов деятельности в соответствии с иными режимами налогообложения.
Таким образом, организации следует вести раздельный учет доходов, попадающих под ЕНВД, и других доходов, в том числе процентов по договорам займа. При этом в отношении доходов, полученных в виде процентов по договорам займа, применяется иной режим налогообложения, например общий или УСН.
Источник: Клерк.ру