Суммы НДС, предъявленные налогоплательщику, переведенному на уплату ЕНВД для отдельных видов деятельности, по товарам, используемым для операций, как облагаемых НДС, так и не подлежащих обложению этим налогом, принимаются к вычету либо учитываются в стоимости этих товаров в той пропорции, в которой они используются для реализации товаров.
Данная пропорция определяется исходя из стоимости отгруженных товаров, реализация которых подлежит налогообложению или освобождена от налогообложения, в общей стоимости товаров, отгруженных за налоговый период.
При определении суммы НДС, подлежащей вычету при реализации облагаемых этим налогом товаров в режиме оптовой торговли, осуществляемой ИП, переведенным на уплату ЕНВД по розничной торговле, для обеспечения сопоставимости показателей в вышеуказанной пропорции стоимость товаров, реализуемых в режиме оптовой торговли, следует учитывать без НДС.
Источник: Клерк.ру