Если местонахождение организации и местонахождение водных объектов, используемых для забора воды не совпадают, то есть организация и водные объекты расположены в разных субъектах РФ, то организация должна встать на учет в налоговом органе по месту своего нахождения и уплачивать водный налог также по месту своего нахождения.
Такие пояснения даны на сайте УФНС по Республике Тыва.
Источник: Клерк.ру