В том случае, если местом нахождения организации является муниципальное образование, где в отношении предпринимательской деятельности по предоставлению автотранспортных услуг по перевозке пассажиров и грузов не введена система ЕНВД, то, соответственно, по месту нахождения обособленного подразделения, находящегося на территории муниципального образования, где применяется данная система, организация не подлежит постановке на налоговый учет в качестве налогоплательщика ЕНВД.
При этом полученные организацией доходы от такой деятельности, будут учитываться в рамках ОСНО или УСН.
Такие разъяснения приведены в письме Минфина РФ № 03-11-06/3/262 от 30.10.2009.