Согласно закону № 259-ФЗ от 10.11.2009, назначать и освобождать от должности ректоров будет Президент на срок, не превышающий 5 лет. Президенту дано право досрочно освобождать ректора от должности, а также право переназначать ректора на новый срок. По достижении ректором государственного университета предельного возраста, установленного для замещения должности, Президент вправе дважды продлевать полномочия ректора на новый срок.
При этом Московскому и Санкт-Петербургскому университетам дается право самостоятельно устанавливать образовательные стандарты, которые не должны быть ниже федеральных, а также право проводить дополнительные вступительные испытания профильной направленности.